Kod 70 do 80% ljudi inficiranih virusom Zapadnog Nila ne razvijaju se nikakvi posebni simptomi. Međutim, kod manjeg broja ljudi javlja se umor, slabost i povišena telesna temperatura uz glavobolju, bolove u telu, ili dijareju. Simptomi se javljaju za dva do šest dana posle uboda inficiranog komarca, mada period inkubacije može da traje i do 14 dana. Kod 1% zaraženih mogu se razviti ozbiljne neurološke bolesti poput encefalitisa (zapaljenja mozga) ili meningitisa (zapaljenja zaštitnih membrana koje obavijaju mozak i kičmenu moždinu). Simptomi koji ukazuju na ova oboljenja su glavobolja, visoka telesna temperatura, ukočenost vrata, poremećaj svesti, i dr. Oporavak u ovom slučaju može potrajati više nedelja ili meseci.