U oko 25% slučajeva posle prve faze sifilis prelazi u sekundarni sifilis koji se karakteriše pojavom povišene temperature, groznice, pojave svraba i promena na dlanovima, pojave lezija genitalne regije koje liče na genitalne bradavice. U ovoj fazi se može javiti i gubitak kose, bolovi u grlu, simptomi slični gripu. U sekundarnoj fazi sve promene na koži zaraženu osobu čine veoma podložnom sekundarnim infekcijama.