Za povoljne efekte crne čokolade po zdravlje zaslužni su pre svega flavonoidi - katehini, epikatehini i procijanidini. Ova jedinjenja deluju protivzapaljenski i antioksidativno. Istraživanja su pokazala da flavonoidi regulišu nivo LDL holesterola, kao i da ublažavaju hipertenziju. U jednom istraživanju iz 2007. godine, kod ispitanika koji su tokom 4 meseca svakodnevno jeli pola štangle crne čokolade utvrđeno je prosečno smanjenje nivoa gornjeg (sistolnog) krvnog pritiska za 2.9 mmHg i donjeg (dijastolnog) krvnog pritiska za 1.9 mmHg. Primećeno je i da kod učesnika u istraživanju nije došlo do povećanja nivoa lipida i glukoze u krvi, niti do povećanja telesne težine.
