Nedostatak pojedinih nutrijenata može povećati rizik za pojavu afti. Reč je najpre o vitaminima B12, B6, folnoj kiselini i gvožđu. Morska riba kao što su skuša i losos obiluju vitaminom B12, dok su peršun, spanać, semenke susama i orasi naročito bogati folnom kiselinom i gvožđem. Takođe, aminokiselina lizin pomaže u zaceljivanju afti, a njeni najbolji izvori su piletina i ćuretina (koje obiluju i vitaminom B6), riba, jaja i orašasti plodovi. Takođe, ograničite konzumiranje alkohola pošto alkohol iscrpljuje zalihe vitamina B9 i B12 u organizmu. Ukoliko ste skloni aftoznom stomatitisu bilo bi dobro da izbegavate i kisela i začinjena jela, budući da ova hrana može da iritira usnu sluzokožu i da podstakne pojavu afti.