Prokelj predstavlja odličan izvor vlakana, tako da povoljno deluje na zdravlje digestivnog trakta. Vlakna štite naš probavni sistem tako što smanjuju rizik od karcinoma debelog creva i hroničnih zapaljenskih bolesti creva. Naučnici su takođe utvrdili da sulforafan koji nastaje od glukorafanina u prokelju pomaže u zaštiti sluzokože želuca i sprečava širenje bakterije H. pylori u želucu. Sulforafan takođe podstiče izlučivanje toksina (konkretno benzena i akroleina) iz organizma.