Manjak magnezijuma povećava rizik od zapaljenja u organizmu, naročito kada je u pitanju kardiovaskularni sistem. Ukoliko je u telu nivo magnezijuma nizak, smanjuje se i metabolizam lipida i povećava se krvni pritisak što nepovoljno deluje na arterije i može da izazove aterosklerozu. Suplementi sa magnezijumom preporučuju se kod nepravilnog rada srca, prolapsa mitralnog zaliska, hipertenzije, visokog nivoa LDL odnosno niskog nivoa HDL holesterola.