Alergija na hranu pokreće povećanje broja imunoglobulina u krvi, i to IgE antitela. Ova antitela se bore protiv proteina iz hrane na koju je organizam alergičan dok to nije slućaj kod intolerancija. Intolerancija se može podeliti na osnovu mehanizma kojim nastaje. Postoje intolerancije koje su rezultat nedostatka hemijskih supstanci ili enzima koji su potrebni za varenje određene hrane. To su obično urođene intolerancije.
