Veliki broj različitih bakterijskih oboljenja mogu ugroziti normalan rad creva i sam proces varenja. Bakterijske infekcije koće, infekcija želudca helikobakterijom pilori, Kronova bolest, oboljenje zuba i druga oboljenja su razlog da se u terapiji koriste antibiotici, lekovi koji uništavaju bakterije, ali ne samo one koje su izazvale oboljenje. Zato je uz terapiju antibioticima potrebno konzumirati probiotike.