Koksaki virusi pored miokarditisa mogu izazvati i ozbiljne infekcije moždanog tkiva i moždanih ovojnica, meningitis. Inkubacija u ovom slušaju traje 5 dana i ovo je najozbiljniji oblik infekcije koksaki virusom. Ukoliko Vaš lekar posumnja da imate infekciju nekim koksaki virusom prvi korak u dijagnostikovanju jesu laboratorijske analize. Koksaki virus se izoluje iz fecesa, brisa grla i ždrela, krvi. U okviri specijalizovanih laboratorijskih testova radi se često i ELISA test.