Kada organizam pati od autoimune bolesti koja je izazvana pojačanim reakcijama imunog sistema, tada dolazi do neobičnih reakcija. Te reakcije se svode na pojavu raznih prenaglašenih odgovora imunog sistema na ćelije ili tkiva. Organizam dovodi imuni sistem u preveliku odbrambenu poziciju i imuni sistem sam napada ćelije sopstvenog organizma, odatle i sam naziv, autoimune bolesti.