Hlamidija se kod muškog dela populacije manifestuje pojavom osećaja pečenja prilikom mokrenja, spontanim izbacivanjem urina ili presemene tečnosti iz penisa pa čak i nesvesnim izbacivanjem sadržaja iz debelog creva i bolom u analnoj regiji. Od simptoma se često jave i bolovi u testisima i preosetljivost na dodir. Hlamidija je oboljenje koje se često pogrešno leči jer simptomi liče i na gonoreju.