Najpouzdaniji uvid u stanje jednjaka, želuca i dvanaestopalačnog creva daje gastroskopija. Tokom ovog pregleda posmatra se sluzokoža i utvrđuju se promene kao što su čirevi, erozije, mesta krvarenja i tumori. Uzima se isečak sa sumnjivih mesta za patohistološki pregled, kao i isečak iz želuca za utvrđivanje prisustva H. pylori. Ovo je dobar način za dijagnozu infekcije, jer se osim prisustva helikobaktera utvrđuje i ozbiljnost samog zapaljenja.