Sa druge strane, imuni sistem može reagovati previše. Preaktivni imuni sistem pravi problem i stvara oboljenja koja su nam poznata pod nazivom autoimuna oboljenja. U ovom slučaju imuni sistem ne može da napravi tačnu razliku između normalnih ćelija i patogenih ćelija i dolazi do reagovanja na obe vrste ćelija. Neka od oboljenja koja spadaju u ovu grupu su alopecija, autoimuna hemolitička anemija, ankilozirajući spondilitis, miastenia gravis.
