Kada se desi da mikroorganizmi prodru u organizam, aktivira se drugi nivo odbrane. To je tzv. adaptivni imuni sistem. Naš imuni sistem se adaptira na novi patogen tj. postaje osetljiv na taj patogen, kako bi ga kasnije lakše detektovao. Ovaj sistem se ne aktivira na sve mikroorganizme. Adaptivni imunitet razlikuje prirodni i veštački sistem. Prirodni je onaj koji organizam stvara sam na patogene koji ga napadaju, dok je veštački izazvan vakcinacijom.
