Mikroorganizmi se stalno nalaze oko nas i mogu bilo kada izazvati infekciju. To naravno ne znači da će mikroorganizmi koji se nađu u organizmu uvek izazvati infekciju urinarnog trakta, ali to se često dešava. Bakterije obično u urinarni sistem ulaze kroz uretru, cev koja nosi urin od bešike do spoljašnje sredine. U skoro 95% slučajeva u pitanju su bakterije i drugi mikroorganizmi koji žive u našim crevima i nalaze se u našem fecesu.