Alergije jesu najčešće autoimune reakcije, ali nažalost nisu i jedine. Autoimune bolesti pokrivaju veliki broj oboljenja, i zahvataju sve sisteme ljudskog organizma. Autoimuna reakcija se objašnjava i kao reakcija organizma na nepoznati patogen ili supstancu, i umesto da se organizam i imuni sistem brani protiv infekcije koju taj patogen može izazvati on stvara veliki broj antitela koja počinju da napadaju sopstvene ćelije.
