U najnovijim istraživanjima infekcija heliko bakterijom se povezuje sa mnogim autoimunim oboljenjima, dijabetesom tip 2, Hašimoto sindromom, multiplom sklerozom, jer protein koji se nalazi na helikobakter pylori ima veoma sličnu strukturu kao određena ljudska tkiva. Organizam koji već ima neko autoimuno oboljenje može zameniti bakteriju i sopstveno tkivo i umesto bakterije početi da napada svoje tkivo i tako još više ugroziti ceo organizam.
